Znaczenie badań serologicznych i ilościowego PCR w diagnostyce chorób zakaźnych świń
Zasada ilościowego PCR (qPCR)
Ilościowy PCR (qPCR) polega na wykrywaniu i jednocześnie oznaczaniu ilości kopii określonego fragmentu kwasu nukleinowego patogenu przy użyciu swoistych starterów reakcji i sond molekularnych. Postęp reakcji może być obserwowany w trakcie jej przebiegu dzięki temu, że sonda emituje sygnał flurescencyjny w każdym cyklu PCR, tym silniejszy, im wyższa liczba kopii amplifikowanego materiału znajduje się w probówce. W przypadku sond TaqMan sygnał jest wykrywany w następstwie ich nukleolizy przez polimerazę Taq.
Wyniki qPCR mogą być wyrażane w wartościach Cq lub Ct, które to wartości oznaczają kolejny numer cyklu, w którym pojawił się sygnał świadczący o obecności w próbce badanego genu (ryc. 2). Im niższa wartość Cq, tym wyższa jest liczba kopii wykrywanego fragmentu DNA w badanej próbce. Metodą qPCR mogą być badane takie materiały jak: surowica, płyn ustny, tkanki, wymazy z nosa lub tchawicy oraz nasienie.
W praktyce weterynaryjnej qPCR może być stosowany w diagnostyce choroby, a także w badaniu skuteczności szczepienia. Ponieważ wynik qPCR zależy od jakości ekstrakcji i czystości kwasu nukleinowego, wyniki testu mogą się różnić między laboratoriami. Niższa jakość wyekstrahowanego kwasu nukleinowego będzie skutkowała wyższymi wartościami Cq. W celu precyzyjnego określenia liczby kopii patogenu konieczne jest porównanie wartości Cq badanej próbki do wartości Cq próbki kontrolnej o znanej zawartości kopii genu, amplifikowanej w tym samym czasie.
Limit detekcji qPCR oznacza najmniejszą liczbę kopii genu wykrywalną w [...]
którzy są subskrybentami naszego portalu.
i ciesz się dostępem do bazy merytorycznej wiedzy!
POSTĘPOWANIA
w weterynarii
