Nowy system klasyfikacji sekwencji ORF5 wirusa zespołu rozrodczo-oddechowego świń 1 (PRRSV-1)
Rozmieszczenie geograficzne linii i podlinii genetycznych PRRSV-1
Analiza filogenetyczna PRRSV-1, oparta na sekwencjach ORF5, ujawniła wyraźne różnice w rozmieszczeniu geograficznym szczepów należących do poszczególnych linii i podlinii. Niewielka liczba dostępnych sekwencji PRRSV-1 sklasyfikowanych w liniach L2, L3 i L4 była wykrywana wyłącznie w Europie Wschodniej. PRRSV-1 z linii L2 odnotowano jedynie na Białorusi, Litwie i w Rosji, natomiast PRRSV-1 z linii L3 i L4 wykrywano wyłącznie na Białorusi. Sekwencje należące do linii L1 miały zasięg globalny, chociaż niektóre podlinie L1 były ograniczone geograficznie do określonych regionów lub pojedynczych krajów.
Sekwencje ORF5 PRRSV-1 z linii L1 pochodzące z Europy sklasyfikowano w niemal wszystkich podliniach, z wyjątkiem L1.13, która obejmowała wyłącznie sekwencje chińskie. Przy obecnym stanie wiedzy nie można jednoznacznie stwierdzić, czy podlinia ta wyewoluowała w Azji, czy też reprezentuje dotychczas niewykryte wirusy obecne w Europie. Podobnie nieznana pozostaje przyczyna wykrycia podlinii L1.4, L1.12 i L1.14, odpowiednio wyłącznie w Polsce, Rumunii i Niemczech. Sekwencje PRRSV-1 pochodzące z Azji sklasyfikowano do podlinii L1.1, L1.2, L1.6, L1.10 i L1.11, obok europejskich sekwencji PRRSV-1, a także do wspomnianej wyżej podlinii L1.13, w której nie stwierdzano obecności sekwencji europejskich.
Wśród 3314 sekwencji ORF5 wirusów PRRSV-1 pochodzących z regionu Niemcy – Holandia – Dania (bez precyzyjnego przypisania do konkretnego kraju) większość należała do podlinii L1.1, L1.9, L1.2, L1.3, L1.6, L1.8, L1.7 oraz L1.11, które były wykrywane stale na przestrzeni wielu lat. Natomiast bardzo niewiele [...]
którzy są subskrybentami naszego portalu.
i ciesz się dostępem do bazy merytorycznej wiedzy!
POSTĘPOWANIA
w weterynarii
